
天正11年(1583)加賀藩首代藩主前田利家入主金澤城後不久,就在連接小立野台地的平地上,建造了利家的菩提寺「寶圓寺」與祈禱所「波著寺」。大約30年後,元和6年(1620),因此處要蓋七位老臣的住宅,而遷移了這二座寺廟。
慶長6年(1601),利常迎娶德川秀忠(後成為二代將軍)之女珠姬,為了安置隨珠姬而來的300位隨從,而興建長屋,此處就稱為江戶町──江戶町就是現在面對百間堀,有許多茶室林立的地方。珠姬過世後,這些居民就回到江戶,長屋隨即被拆毁。萬治2年(1659)將負責建築修繕的公所作事所,遷移到江戶町原址
兼六園的造園,起自面對城池的傾斜地區。延寶4年(1676)五代藩主綱紀將作事所遷回城內,原址則修建自己的別墅,並在別墅四周造園,據說就是兼六園造園的開始。
一般雖稱此處為「蓮池庭」,但開始造園時,卻是名為「蓮池之上御露地」,用來接待來藩的客人與重臣,或舉辦賞楓等宴會,充分發揮了娛樂的功能。
深受歷代藩主與老臣喜愛的蓮池庭,卻在寶曆9年(1759)的一場大火部分燒毁,之後十一代藩主治脩於安永3年(1774)新建翠瀧與夕顏亭,安永5年(1776)再增建了內橋亭。
在蓮池庭上方的平地稱為「千歲台」,歷任藩主賦予千歲台不同的功能,讓千歲台歷經了各種不同的風貌。
到了藩政時代中期的寬政4年(1792),治脩創建了藩校「明倫堂」與「經武館」。治脩之後的十二代藩主齊廣,將治脩創建的藩校遷出,文政5年(1822)在原址增建了自己的隱居所「竹澤御殿」。同年,奧州白河藩主松平定信受齊廣之邀,將此處命名為「兼六園」。
齊廣過世後,嫡子十三代藩主齊泰拆毁了竹澤御殿這座建坪4000坪,擁有超過200間房間的豪華御殿。之後擴增了霞之池面積,種植形態優美的樹木,擴大整建庭園。萬延元年(1860),又拆掉和蓮池庭之間的大門與圍籬,打造相當大規模的庭園。然後在文久3年(1863)又增建了母親真龍院的隱居所巽御殿(即現今的成巽閣),完成了現在的庭園風貌。
明治7年(1874)兼六園全面開放供市民參觀,茶室便如雨後春筍般地出現了。明治13年(1880)為了追悼西南戰爭中戰死的士兵,而建立「明治紀念碑」。
大正11年(1922)兼六園獲指定為國定名勝,昭和60年(1985)更升格為特別名勝,是最高等級的名勝,可說是國寶級庭園。
平成6年(1994)作為「長谷池周邊整建事業」的一環重新整建,於平成12年(2000)完工。新庭園中重現了明治初期拆毁的「時雨亭」與「舟之御亭」,更重新整建了具有二股清流的庭園,讓兼六園更具規模。