第１次指定 ４種（平成１７年５月１日施行）
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★トミヨ（絶滅危惧Ⅰ類）
手取川扇状地と志賀町の一部にのみ分布。湧水枯れや水路のコンクリート化等で、生息地と個体数の減少が進み、絶滅の危機にある。
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★イカリモンハンミョウ（絶滅危惧Ⅰ類）
志賀町から羽咋市の海浜にのみ生息。本州では唯一の生息地。車の乗り入れ等により個体数が減少し、絶滅の危機にある。
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★シャープゲンゴロウモドキ（絶滅危惧Ⅰ類）
主に能登地方の水質の良い浅い池沼や湿地に生息。各地で生息地と個体数の減少が進み、絶滅の危機にある。
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★ウミミドリ（絶滅危惧Ⅰ類）
志賀町上野海岸の塩性湿地にのみ生育。個体数は非常に少なく、環境悪化も見られ、絶滅の危機にある。
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第２次指定 ５種（平成１８年５月１日施行）
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★チュウヒ（絶滅危惧Ⅰ類）
河北潟などの広いヨシ原で営巣し、ネズミ類等を食べるタカ。ヨシ原の減少・乾燥化等により、繁殖個体数が減少し、絶滅の危機にある。
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★ホトケドジョウ（絶滅危惧Ⅱ類）
加賀から口能登の湧き水がしみ出す湿地や流れに生息する淡水魚。水路の減少や改変等により、生息環境の減少が進み、絶滅の危機にある。
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★マルコガタノゲンゴロウ（絶滅危惧Ⅰ類）
能登地方の水際が浅い水質のよい池に生息する昆虫。環境の変化やブラックバス、乱獲等により､減少が進み､絶滅の危機にある。
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★オキナグサ（絶滅危惧Ⅰ類）
加賀地方の河岸の極めて限られた場所で生育している植物。環境の変化や園芸採取などにより減少が進み、絶滅の危機にある。
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★エチゼンダイモンジソウ（絶滅危惧Ⅰ類）
加賀地方の河岸の湿った岩場などに生育する植物。全国で石川・福井県のみに分布。環境の変化や園芸採取などにより減少が進み、絶滅の危機にある。
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第３次指定 ６種（平成１９年１１月１日施行）
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★コアジサシ（絶滅危惧Ⅰ類）
４月中旬に日本に飛来する夏鳥。繁殖地の攪乱、人や車の立ち入りによる巣の破壊や営巣地の放棄、裸地の草原化による繁殖適地の減少により、絶滅の危機にある。
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★イソコモリグモ（絶滅危惧Ⅱ類）
砂浜海岸の海浜植物帯を主な生息地とし、砂中に垂直の縦穴をつくってその中に潜む。海浜植物帯が成立する砂浜海岸の減少により、絶滅の危機にある。
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★サドクルマユリ（絶滅危惧Ⅰ類）
７月頃茎頂に横向きに赤橙色の花をつける。クルマユリの変種で、能登地方に分布する。園芸採取や草地の減少により、絶滅の危機にある。
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★トキソウ（絶滅危惧Ⅰ類）
５～７月頃花は横向きで半開し、加賀地方の河岸の極めて限られた場所で生育している植物。環境の変化や園芸採取などにより減少が進み、絶滅の危機にある。
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★サギソウ（絶滅危惧Ⅰ類）
７～８月頃３ｃｍ程度の白色の花をつける。丘陵地の湿地等に生育する。園芸採取や湿地の消滅や減少により、絶滅の危機にある。
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★イソスミレ（絶滅危惧Ⅱ類）
４～５月頃２～２．５ｃｍ、紫紅色から淡紫色の花をつける。海岸砂丘、海岸クロマツ林の海側に生育する。海岸開発や土地造成などにより、絶滅の危機にある。
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